Ik denk dat een API het handigste is, of gewoon een eigen VPS nemen waarbij je bestanden buiten je webroot kan zetten en kan linken aan andere paths en je geschreven webapplicaties op je server.
Zo wil ik mijn nieuwe CMS bovendien gaan opbouwen: Alle belangrijke classes buiten de webroot, een een index, configfile (deels) en andere clientside-bestanden (plaatjes, css, js) in de webroot.